بعد سقوط المدينة قامت القوات اليابانية بحملة مداهمات من اجل إلقاء القبض على المقاتلين المختبئين , الاعتقالات كانت تتم بشكل عشوائي وتعسفي , وقام الجيش الياباني بالعديد من المجازر ضد أسرى الحرب لعل أهمها هي مجزرة نهر يانغستي يوم 18 ديسمبر هناك قام الجنود اليابانيون بتجميع الأسرى على ضفاف النهر واستغرقوا النهار بأكمله وهم يربطون الأسرى مع بعضهم , كل 4 مع بعض , فإذا تم إعدام شخص واحد من كل مجموعة سيقوم بجر البقية إلى قاع النهر وبالتالي سيموتون غرقا , وعند حلول الغروب تم فتح النار على الأسرى واستغرقوا ساعة كاملة لقتل جميع الأسرى البالغ عددهم 57 ألف , وقد بقي منهم 1300 صيني قام الجيش الياباني بإجبارهم على الركض في منطقة مليئة بالألغام , وسرعان ما بدأت الألغام تنفجر وتحول الأسرى إلى أشلاء , أما المتبقين فقد تم صب الجازولين عليهم وحرقهم أحياء . وقد قال احد المراسلين الأجانب بأنهم شاهدوا أكوام عالية من الجثث تصل إلى 6 أقدام عند دخولهم إلى بوابات المدينة , كما تم حرق ثلث المدينة وحرق البيوت والمباني الحكومية , وكانت عمليات النهب أمر روتيني في المدينة وذلك لعدم وجود رادع يمنع اليابانيون من ممارسة أعمالهم الوحشية .